(大鼠基因symbol)

最近在解答一些小伙伴的问题时遇到了一个挺重要的问题,虽然解决上难度似乎不大,但是值得重视。往往在GEO等公开数据库的查找当中,我们可能遇到的心仪系列物种不是人,而是其它的物种。打个比方,张三找到了一个肝癌化疗药物的系列A,而他前期已经进行了对人队列B转录组测序的生信分析,他想结合两个数据集来增加自己的工作量。可是他找的化疗系列A是大鼠的,那人和大鼠的基因明显存在差异,所以进行ID的转换尤为重要(实验用的也是老鼠验证奥,这里一定不要纠结两个物种之间的差异)。当然转换ID的用处可不止这一种,我只是举例说明。首先引用需要的包,没有安装的同学请先安装

library(msigdbr)library(dplyr)我们使用的是msigdbr包的函数msigdbr可以先用辅助函数msigdbr_species看一下支持转换的物种

##辅助函数显示可选用的物种,尝试后发现好像漏显示了两个物种分别为"zebradanio","zebrafis"msigdbr_species()#Atibble:20x2#species_namespecies_



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